Comprender la distribución local 3D de la expresión génica, que tiene un gen activo o inactivo dentro del tejido biológico, es esencial para exponer las funciones génicas. Uno de los métodos para estimar esta distribución es la tumografía de ARN, que es la preparación de piezas de tejido congelado con tres ejes ortogonales, realizando el diseño de ARN (análisis de expresión génica) en cada sección y los datos para la reorganización de los mapas de expresión génica 3D. Sin embargo, estos datos requieren habilidades de programación avanzadas, lo que dificulta a los investigadores sin habilidades computacionales.
En gran medida, los investigadores desarrollaron el software fácil de usar Tomos QR-A diseñado para evaluar la distribución de expresión génica local 3D. El Tomas QR presenta una interfaz de usuario gráfica intuitiva que facilita la creación de datos de morfología de tejido y permite el concepto de modelos de expresión génica 3D. Este software está disponible de forma independiente, lo que hace que este análisis complejo sea accesible para una comunidad de investigación más amplia.
Al aplicar el Tomos QR a los datos de expresión cebra de FISH, los investigadores reprodujeron con éxito las principales muestras de expresión génica, lo que confirma la precisión del software. Además, analizó alrededor de 18,000 genes en planaren, una biología modelo que es conocida por su regeneración, y crea un mapa de distribución local 3D de cada expresión génica. El punto de vista basado en datos también identificó genes con fluctuaciones locales significativas, que recomiendan la regeneración de tejidos, como sus posibles roles en las funciones biológicas.
En particular, el biocandor ha adoptado el Tomas QR, que es una plataforma global reconocida para el software de ciencias de la vida, que permite a los investigadores de diferentes sectores aprovechar sus habilidades para la expresión del gen 3D. Esta herramienta potencialmente progresará en organismos de desarrollo, enfermedades y medicamentos reiniciados, lo que aumentará las oportunidades de descubrimiento científico.
Este trabajo fue apoyado por la Sociedad Japón para la Promoción de la Ciencia (JSPS) Kakini Grant No. JP22K15127, MK, JP 222K17992 a Ho, y JST-My-My-My-My-My-My-My-My-My-My-My-Program Número de subvención JPMJMI20G7.
