Santa Cruise – Un doctorado. Los estudiantes de posgrado en Ingeniería Biomolólica de UC Santa Cruise, incluidos los antecedentes de informática y matemáticas, crearon un innovador programa de software llamado CRISPRWE, que hace que las condiciones genéticas sean más rápidas y más fáciles para la enfermedad general de Cale o la fibrosis quística.
El software de crisprware se presentó en uno Papel El creador del software, Eric Malekos, está compuesto en “BMC Genomics” con otros moléculas, células y biología del desarrollo en PhD. La estudiante Christie Mono y la guía y el entusiasmo de la profesora Susan Carpenter del título de UCSC Laboratorio carpinteroEl
“Soy inmunólogo por entrenamiento”, dijo Carpenter. “Estoy estudiando todas las rutas moleculares asociadas con la inflamación con el interés de la infección, tan intensa inflamación, pero también el interés en la inflamación crónica, porque está relacionado con la enfermedad autoinflamatoria. Comencé mi laboratorio en UCSC para controlar el papel que juega el ARN en el control de estas reacciones”.
El ARN o ácido ribonuclic, como el ADN, pero en lugar de la estructura de doble pie de carbón, el ARN generalmente tiene una hebra y un bloque de construcción separado. Hay algunas funciones en el cuerpo del ARN, y las proteínas, incluido el mensajero del ADN y un ribosoma, sintetizan las proteínas, diciendo que los ribosomas son básicamente lo que se debe producir la proteína. Sin embargo, el ARN que no sirve para la síntesis de proteínas en Carpenter y sus estudios de laboratorio y se llama ARN largo no codificante.
“Cuando me estaba entrenando, la secuencia de ARN se convirtió en una nueva estrategia y descubrimos todos estos genes de ARN que subieron y bajaron después de la reacción o infección inflamatoria, pero ninguno de ellos hizo el código de la proteína”, dijo Carpenter. “Originalmente se colocan en un recipiente donde se les llama ARN no codificantes largos y estos genes tienen 36,000 que ahora se identifican en genomas humanos. Son más de lo que están estudiando, que rara vez se saben sobre lo que los genes que codifican proteínas, cómo lo hacen a largo plazo.
Para estudiar ARN no codificante, Carpenter y su equipo de editor de genes de laboratorio utilizando CRISPR o clúster entre repeticiones palindrómicas cortas y pasas pasadas regularmente para identificar y editar genes específicos. El proceso de corte CRISPR suele ser una proteína llamada CAC 9, que se maneja para obtener un punto específico en el genoma, conocido como ARN guía por una secuencia de ARN.
“Lo más importante con CRISPR es que te da mucha energía para apuntar a una sección específica del genoma”, dijo Malekos. “El ARN de la guía tiene aproximadamente 20 nucleótidos en el ARN y puede hacer que coincida con la secuencia de 20 nectótidos en el genoma, esto es que esto lo más cerca de una región específica del genoma, porque no ves que muchas repeticiones te brindan diferentes secuencias de 20 nucleótidos, por lo que las secuencias de 20 nucleótidos te dan diferentes tipos”.
El problema es el ARN guía para los genes familiares que codifican proteínas solo en el código genético humano en el equipo disponible para los investigadores, pero no para otros. El software CRISPRWARE, por supuesto, puede escanear un genoma completo a la vez y detectar todas las guías posibles para cualquier región de la orden.
“Cuando estudiamos, generalmente usamos un modelo de genoma humano, que es realmente una suma de aproximadamente 20 personas que se usaron originalmente para el proyecto de secuenciación del genoma humano, lo que se dice que la secuencia que usamos no representa a todas las personas, porque todos tenemos diferentes variaciones”, dice Malcos. “Un ingrediente interesante en mi trabajo es que puede incluir variaciones genéticas específicas en las personas para encontrar guías CRISPR que funcionen en algunos casos y no en otros”.
Malekos opera software CrisPrware en el genoma de seis modelos, que a menudo usan investigadores en varios campos: humanos, ratas, ratones, pez cebra, moscas de la fruta y un trabajo circular conocido como canorhhabditis aligans. El software CRISPRWARE produce un amplio catálogo de ARN guía para cada especie. Los resultados del software se cargaron universalmente para acceder Navegador de genoma de UCSC, Que celebra su 25 cumpleaños este mes.
“Esta es una gran característica”, dijo Carpenter. “Si estás trabajando para volar una fruta y quieres apuntar a un gen, pero nunca has usado CRISPR antes que tú
Mirando el frente, Malekos ha visto crisprware adaptado para estudiar los genomas de células cancerosas y células vegetales complejas, que pueden tener más de mil cromosomas en células humanas que 46 cromosomas.
“Por lo general, los genomas de las células cancerosas son realmente divertidos”, dijo Malekos. “No muestran nada como células humanas ordinarias en la dirección del genoma que se unirán a las formas extrañas. El crisperware ahora está diseñado para funcionar con dos cromosomas para que el trabajo futuro pueda considerar estos genomas de cáncer más complejos, además de CRIS, para hacer una gran cantidad de cromosomas y se puede hacer un gran número de cromosomas. cromosomas “
Sin embargo, Carpenter y Malekos, que están preocupados por el futuro del becario predactoral del Instituto Nacional de Salud de la Salud, el futuro de su investigación y el estudio de los demás, que rodean la confusión reciente. Trump cortado por la administración Instituto Nacional de Salud.
“El fondo de la ciencia es realmente importante”, dijo Carpenter. “Estamos ansiosos por hablar sobre nuestra investigación y creemos que las personas son más importantes para hacerlo tanto para que sepamos lo que está en riesgo y lo que la gente puede perder”.
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