Investigadores dirigidos por ingenieros eléctricos de la Universidad de California en San Diego han desarrollado una mejor manera de realizar análisis comparativos de genomas completos. Este enfoque se puede utilizar para estudiar las relaciones entre diferentes especies en escalas de tiempo geológico.
Este nuevo enfoque está preparado para desbloquear descubrimientos sobre cómo la evolución ha dado forma a los genomas modernos y cómo está organizado el árbol de la vida. El nuevo método, llamado CASTER, se describe en un artículo publicado en Ciencia El 23 de enero de 2025.
CASTER está preparado para ofrecer a los biólogos un enfoque más escalable que los métodos más modernos para comparar genomas completos. Esto es particularmente relevante dado el creciente número de genomas secuenciados de especies vivas y extintas. Todos estos genomas están disponibles para estudio comparativo mediante análisis filogenómico. CASTER proporciona resultados interpretables que ayudan a los biólogos a comprender no sólo las relaciones entre especies, sino también el mosaico de la historia evolutiva a lo largo del genoma.
“Desde principios de la década de 2000, innumerables estudios han afirmado reconstruir filogenias ‘de todo el genoma’; sin embargo, todos se han basado en regiones de submuestreo dispersas por todo el genoma, que representan sólo una pequeña porción de cada genoma completo. “Analizar todas las posiciones genómicas usando modelos complejos parecía fuera de alcance”, dijo Sivash Mirab, profesor de ingeniería eléctrica en UC San Diego y. Autor correspondiente del nuevo artículo en Science: “Lo que me entusiasma es que ahora, con recursos computacionales ampliamente disponibles, podemos realizar verdaderos análisis de todo el genoma utilizando cada par de bases asociadas en una especie”.
“Alcanzar este hito requiere los esfuerzos combinados de muchas disciplinas, incluidas la estadística, la informática y la biología”, afirmó Zhao Zhang, primer autor del nuevo artículo de Science. Zhang completó su doctorado en UC San Diego en el programa de Bioinformática y Biología de Sistemas. Actualmente forma parte del cuerpo docente de la Universidad de Copenhague.
